Titre : |
Caractérisation des LncRNA exprimés dans les lymphocytes T normaux et leucémiques |
Type de document : |
texte imprimé |
Auteurs : |
KERMEZLI, Yasmina, Auteur ; ARIBI, Mourad, Auteur |
Editeur : |
Université tlemcen |
Année de publication : |
2019 |
Importance : |
193 p. |
Présentation : |
ill. |
Format : |
30 cm |
Accompagnement : |
cd |
Langues : |
Français (fre) |
Résumé : |
L’avènement des analyses génomiques à grande échelle a profondément
modifié notre compréhension de l’organisation fonctionnelle du génome, et a permis de
constater qu’au moins 70 % du génome humain peut être transcrit. Ces analyses ont mis en
évidence l’existence d’une multitude de longs ARN non codants (LncRNA). Bien que les
fonctions de la majorité de ces LncRNA restent à l’heure actuelle inexplorées, il s’avère que
plusieurs d’entre eux jouent un rôle important dans la régulation de l’expression génique, et
peuvent être impliqués dans diverses pathologies comme le diabète, les maladies
cardiovasculaires, les cancers solides et les leucémies. La leucémie aiguë lymphoblastique à
cellules T (LAL-T) est une tumeur maligne très agressive et très fréquente chez l’enfant. Cette
hémopathie est une maladie hétérogène causée par l'accumulation de lésions moléculaires, à
l’origine de la prolifération de cellules T immatures bloquées à des stades précis de
différenciation. La création d'un catalogue de LncRNA exprimés dans la LAL-T revêt donc
une importance particulière. Cependant, cette tâche reste difficile à mettre en oeuvre, étant
donné que l'expression des LncRNA est extrêmement limitée dans le temps et dans l'espace, et
par conséquent pourrait être très différente d'un échantillon à l'autre.
Matériels et Méthodes : Nous avons utilisé des données publiques et des données émanant du
Laboratoire TAGC et de l’Hôpital Necker (Paris) de RNA-Seq et de ChIP-Seq. L’analyse de
ces données a été faite à l’aide de pipelines bioinformatiques robustes afin de découvrir de
nouveaux LncRNA exprimés dans les cellules T normales et leucémiques, et les caractériser
sur le plan génomique et épigénétique. Nous avons intégré par la suite de ces transcrits dans un
vaste répertoire de LncRNA (n = 30478), contenant à la fois les LncRNA connus et ceux décrits
précédemment dans les LAL-T.
Résultats : 2560 nouveaux LncRNA ont été identifiés. Les analyses montrent que ces
nouveaux transcrits non codants partagent des propriétés communes avec les LncRNA connus.
Ces de novo transcrits pourraient être impliqués dans le développement normal et leucémique
des cellules T. Les premiers résultats nous ont amené à identifier par la suite un sous-ensemble
de LncRNA corégulés avec les oncogènes connus dans les LAL-T.
Conclusions : Les résultats de ce projet de thèse de Doctorat représente une source complète
de LncRNA exprimés dans les cellules T normaux et leucémiques, et pourraient fournir de
nouveaux indices sur le rôle des LncRNA dans cette pathologie. |
Caractérisation des LncRNA exprimés dans les lymphocytes T normaux et leucémiques [texte imprimé] / KERMEZLI, Yasmina, Auteur ; ARIBI, Mourad, Auteur . - Université tlemcen, 2019 . - 193 p. : ill. ; 30 cm + cd. Langues : Français ( fre)
Résumé : |
L’avènement des analyses génomiques à grande échelle a profondément
modifié notre compréhension de l’organisation fonctionnelle du génome, et a permis de
constater qu’au moins 70 % du génome humain peut être transcrit. Ces analyses ont mis en
évidence l’existence d’une multitude de longs ARN non codants (LncRNA). Bien que les
fonctions de la majorité de ces LncRNA restent à l’heure actuelle inexplorées, il s’avère que
plusieurs d’entre eux jouent un rôle important dans la régulation de l’expression génique, et
peuvent être impliqués dans diverses pathologies comme le diabète, les maladies
cardiovasculaires, les cancers solides et les leucémies. La leucémie aiguë lymphoblastique à
cellules T (LAL-T) est une tumeur maligne très agressive et très fréquente chez l’enfant. Cette
hémopathie est une maladie hétérogène causée par l'accumulation de lésions moléculaires, à
l’origine de la prolifération de cellules T immatures bloquées à des stades précis de
différenciation. La création d'un catalogue de LncRNA exprimés dans la LAL-T revêt donc
une importance particulière. Cependant, cette tâche reste difficile à mettre en oeuvre, étant
donné que l'expression des LncRNA est extrêmement limitée dans le temps et dans l'espace, et
par conséquent pourrait être très différente d'un échantillon à l'autre.
Matériels et Méthodes : Nous avons utilisé des données publiques et des données émanant du
Laboratoire TAGC et de l’Hôpital Necker (Paris) de RNA-Seq et de ChIP-Seq. L’analyse de
ces données a été faite à l’aide de pipelines bioinformatiques robustes afin de découvrir de
nouveaux LncRNA exprimés dans les cellules T normales et leucémiques, et les caractériser
sur le plan génomique et épigénétique. Nous avons intégré par la suite de ces transcrits dans un
vaste répertoire de LncRNA (n = 30478), contenant à la fois les LncRNA connus et ceux décrits
précédemment dans les LAL-T.
Résultats : 2560 nouveaux LncRNA ont été identifiés. Les analyses montrent que ces
nouveaux transcrits non codants partagent des propriétés communes avec les LncRNA connus.
Ces de novo transcrits pourraient être impliqués dans le développement normal et leucémique
des cellules T. Les premiers résultats nous ont amené à identifier par la suite un sous-ensemble
de LncRNA corégulés avec les oncogènes connus dans les LAL-T.
Conclusions : Les résultats de ce projet de thèse de Doctorat représente une source complète
de LncRNA exprimés dans les cellules T normaux et leucémiques, et pourraient fournir de
nouveaux indices sur le rôle des LncRNA dans cette pathologie. |
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