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Etude de la résistance aux antibiotiques des colibacilles isolés à partir d’élevages intensifs de volailles dans la région de Tlemcen. / Sellah Moustafa
Titre : Etude de la résistance aux antibiotiques des colibacilles isolés à partir d’élevages intensifs de volailles dans la région de Tlemcen. Type de document : texte imprimé Auteurs : Sellah Moustafa, Auteur Editeur : UNIVERSITE ABOUBEKR BELKAID - TLEMCEN Année de publication : 2018-2019 ISBN/ISSN/EAN : doc-bioch-01 Langues : Français (fre) Mots-clés : Résistance aux antibiotiques, E. coli, fientes, volaille, Tlemcen Résumé : هذا العمل يركز أولا على دراسة أولية لمراقبة مقاومة
E. فترة الدراسة إلى قسمين الفترة الأولى كانت بين يناير ومارس 2014 والثانية كانت بين أبريل ويونيو 2014 . ما مجموعه 834 من شكل متطابق مع
كان عدد السلالات التي تم تحديدها هو 102 . تم تحديد قابلية المقاومة للمضادات الحيوية بطريقة القرص باستعمال 32 مضاد cefotaxime مقاومة ل coli
98 سلالة تم .CA-SFM ولجنة مكافحة المضادات CA-SFM ( حيوي تنتمي إلى فئات مختلفة، باستخدام توصيات لجنة مكافحة المضادات البيطرية ( 2013
كانت الأكثر انتشارا، ومعظم الجزيئات كانت غير فعالة β-lactam كانت موضوع دراسة المقاومة للمضادات الحيوية. أشار تحليل البيانات إلى أن مقاومة
وهو من الجيل الثالث نسبة 59.18 ٪ وأظهر ceftazidime ومع ذلك أظهر céphalosporines بما في ذلك الجيل الأول والثاني والثالث من
،٪20.40 cefoxitine نسبة 54.08 ٪ وبالإضافة إلى ذلك، بعض المضادات الحيوية لها تأثير جيد ضد السلالات مثل ticarcilline/acide clavulanique
منتشرة على fluoroquinolones و quinolones ٪6.12 . كانت مقاومة البكتيريا ل ertapenème ٪16.32 و azétronam ٪18.36 ، و moxalactam و
أظهرت السلالات البكتيرية مقاومة للمضادات .norfloxacine و ciprofloxacine غير فعال تماما مقارنة مع acide nalidixique نطاق واسع، وكان
بنسبة 93.87 ٪ و érythromycine بنسبة 76.53 ٪ و triméthoprim/sulfaméthoxazole بنسبة 58.16 ٪ و rifamycine الحيوية الأخرى مثل
وكذلك للجزيئات gentamicine و amikacine مثل aminosides بنسبة 100 ٪. في حين كانت كل السلالات البكتيرية حساسة لبعض جزيئات clindamycine
و céfotaxime و ceftazidime و céftriaxone و céfotaxime ل 58 سلالة بواسطة MIC تمت دراسة .fosfomycin و colistine البروتينية مثل
حيث أن 75.86 ٪ من السلالات كانت مقاومة لهذا ceftazidime كانت جميع القيم أعلى بكثير من التركيزات لكل مضاد حيوي، ما عدا ciprofloxacine
لم يتم اكتشافه في السلالات تم تصنيف جميع السلالات البكتيرية blaCTX-M ل 21 سلالة من 58 سلالة أن الجين PCR المضاد الأخير. كشف التنميط الجيني ل
التي تم اختبارها على أنها مقاومة للعديد من الأدوية مقاومة لمضادات حيوية أو أكثر ومعظمها لها معدل مقاومة عالي جدًا. تنقسم أنماط المقاومة المتعددة
إلى مجموعات وفقا لعدد مقاومة المضادات الحيوية مع الحد الأقصى 26 والحد الأدنى 17 من أصل 32 مضاد حيوية الذي تم اختباره .وقد وجد أن هناك
51 نمط موزع في 10 مجموعات.
فضلات الدجاج، تلمسان. ،E. coli ، الكلمات المفتاحية : المقاومة البكتيرية للمضادات الحيوية
Résumé
Ce travail porte d’abord sur une étude préliminaire de la surveillance de la résistance aux antibiotiques et la contamination par E.
coli commensal isolé à partir des fientes de poulets de chair sains ou après un traitement dans des fermes d’élevages intensifs dans
la région de Tlemcen. La période d’étude est divisée en deux, entre janvier et mars 2014 et entre avril et juin 2014. Un total de 834
souches de morphologie typique d’E. coli résistants à la céfotaxime ont été isolés. Cependant, le nombre de souches identifiées
n’était que 102. La sensibilité aux antibiotiques de 98 souches sélectionnées à partir des souches identifiées a été déterminée par la
méthode de diffusion de disque vis-à-vis aux 32 antibiotiques appartenant aux différentes classes selon les recommandations du
Comité d’Antibiogramme Vétérinaire CA-SFM (2013) et du Comité d’Antibiogramme CA-SFM (2013). L’analyse des données a
signalé que la résistance aux β-lactamines était la plus fréquente et la plupart des molécules étaient inefficaces y compris les
céphalosporines de 1ère, de 2ème et de 3ème génération. Cependant, pour la ceftazidime qui est une céphalosporine de 3ème génération,
le taux de résistance des souches était de 59,18% et celui de l’association de ticarcilline/acide clavulanique était de 54,08%. De
plus, certains antibiotiques ont un bon effet contre les souches, comme par exemple la cefoxitine (20,40%), la moxalactam (18,36%),
l’azétronam (16,32%) et l’ertapenème (6,12%). La résistance aux quinolones et aux fluoroquinolones était aussi répandue, l’acide
nalidixique était totalement inefficace par rapport à la ciprofloxacine et à la norfloxacine. Encore, les souches ont montré des
fréquences variables de résistance aux autres antibiotique tels que la rifamycine (58,16%), la triméthoprim/sulfaméthoxazole
(76,53%), l’érythromycine (93,87%), et la clindamycine (100%). En revanche, tous les E. coli étaient entièrement sensibles à
certaines molécules d’aminosides telles que l’amikacine et la gentamicine et aux polypeptides dont la colistine et la fosfomycine.
Les concentrations minimales inhibitrices (CMI) de 58 souches sélectionnées parmi les 98 souches ont été déterminées par la
méthode de dilution sur gélose selon les recommandations du CA-SFM (2013) en utilisant 4 marqueurs la céfotaxime, la céftriaxone,
la ceftazidime et la ciprofloxacine. Toutes les valeurs des CMI étaient nettement supérieures aux concentrations critiques de la
céfotaxime, la céftriaxone et la ciprofloxacine et par conséquence tous les isolats étaient résistants. Cependant, 75,86% des souches
étaient résistantes à la ceftazidime. L’analyse génotypique par PCR de 21 souches sélectionnées à partir de 58 souches a révélé que
le gène blaCTX-M n’a pas été détecté chez les souches. Tous les isolats testés ont été catégorisés comme multirésistants (résistants à
deux antibiotiques ou plus) et la plupart ont un taux de résistance très élevé. Les profils de la multirésistance sont répartis en groupe
selon le nombre de la résistance aux antibiotiques avec un nombre maximum 26 et minimum 17 sur 32 antibiotiques testés. On a
constaté qu’il y a 51 profils différents réunis en 10 groupes.
Mots clés : Résistance aux antibiotiques, E. coli, fientes, volaille, Tlemcen.
Summary
This work first concerns a preliminary study of surveillance of antibiotic resistance and contamination with commensal E. coli
isolated from broiler droppings on intensive livestock farms in the Tlemcen area. The study period is divided in two, between January
and March 2014 and between April and June 2014. A total of 834 of E. coli resistant to cefotaxime were isolated. However, the
number of strains identified was only 102. Antibiotic sensitivity was determined by the disk diffusion method using 32 antibiotics
belong to the different classes, and the minimal inhibitory concentrations (MICs) were determined by the agar dilution method using
the recommendations of the CA-SFM Veterinary Antibiogram Committee (2013) and Antibiogram Committee (2013). 98 strains
compared to 102 identified were the object of study of the sensitivity. Data analysis indicated that β-lactam resistance was the most
common, and most of the molecules were ineffective including 1st, 2nd and 3rd generation cephalosporins. However, ceftazidime
and ticarcillin/clavulanic acid demonstrated an average efficacy. In addition, some antibiotics such as cefoxitin, moxalactam,
azetronam and ertapenem have a good effect against strains. Resistance to quinolones and fluoroquinolones was also widespread,
nalidixic acid was totally ineffective compared with ciprofloxacin and norfloxacin. Again, the strains expressed varying frequencies
of resistance to other antibiotics such as rifamycin (58.16%), trimethoprim / sulfamethoxazole (76.53%), erythromycin (93.87%),
and clindamycin (100%). In contrast, all E. coli were sensitive to certain aminoglycoside molecules such as amikacin and gentamicin
and to polypeptides including colistin and fosfomycin. The MICs of 58 strains were studied using the recommendations of
Antibiogram Committee (2013). All values of cefotaxime, ceftriaxone and ciprofloxacin. were significantly higher than the critical
concentrations and therefore all isolates were resistant. In contrast, ceftazidime has shown efficacy. PCR genotyping of 21 strains
revealed that the blaCTX gene was not detected in the strains. All isolates tested were categorized as multidrug-resistant (resistant to
two or more antibiotics) and most have a very high resistance rate. The patterns are divided into groups according to the number of
antibiotic resistance with a maximum number of 26 and minimum 17 out of 32 antibiotics tested.
Key words: Antibiotic resistance, E. coli, feces, chickens, Tlemcen.Etude de la résistance aux antibiotiques des colibacilles isolés à partir d’élevages intensifs de volailles dans la région de Tlemcen. [texte imprimé] / Sellah Moustafa, Auteur . - UNIVERSITE ABOUBEKR BELKAID - TLEMCEN, 2018-2019.
ISSN : doc-bioch-01
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Résistance aux antibiotiques, E. coli, fientes, volaille, Tlemcen Résumé : هذا العمل يركز أولا على دراسة أولية لمراقبة مقاومة
E. فترة الدراسة إلى قسمين الفترة الأولى كانت بين يناير ومارس 2014 والثانية كانت بين أبريل ويونيو 2014 . ما مجموعه 834 من شكل متطابق مع
كان عدد السلالات التي تم تحديدها هو 102 . تم تحديد قابلية المقاومة للمضادات الحيوية بطريقة القرص باستعمال 32 مضاد cefotaxime مقاومة ل coli
98 سلالة تم .CA-SFM ولجنة مكافحة المضادات CA-SFM ( حيوي تنتمي إلى فئات مختلفة، باستخدام توصيات لجنة مكافحة المضادات البيطرية ( 2013
كانت الأكثر انتشارا، ومعظم الجزيئات كانت غير فعالة β-lactam كانت موضوع دراسة المقاومة للمضادات الحيوية. أشار تحليل البيانات إلى أن مقاومة
وهو من الجيل الثالث نسبة 59.18 ٪ وأظهر ceftazidime ومع ذلك أظهر céphalosporines بما في ذلك الجيل الأول والثاني والثالث من
،٪20.40 cefoxitine نسبة 54.08 ٪ وبالإضافة إلى ذلك، بعض المضادات الحيوية لها تأثير جيد ضد السلالات مثل ticarcilline/acide clavulanique
منتشرة على fluoroquinolones و quinolones ٪6.12 . كانت مقاومة البكتيريا ل ertapenème ٪16.32 و azétronam ٪18.36 ، و moxalactam و
أظهرت السلالات البكتيرية مقاومة للمضادات .norfloxacine و ciprofloxacine غير فعال تماما مقارنة مع acide nalidixique نطاق واسع، وكان
بنسبة 93.87 ٪ و érythromycine بنسبة 76.53 ٪ و triméthoprim/sulfaméthoxazole بنسبة 58.16 ٪ و rifamycine الحيوية الأخرى مثل
وكذلك للجزيئات gentamicine و amikacine مثل aminosides بنسبة 100 ٪. في حين كانت كل السلالات البكتيرية حساسة لبعض جزيئات clindamycine
و céfotaxime و ceftazidime و céftriaxone و céfotaxime ل 58 سلالة بواسطة MIC تمت دراسة .fosfomycin و colistine البروتينية مثل
حيث أن 75.86 ٪ من السلالات كانت مقاومة لهذا ceftazidime كانت جميع القيم أعلى بكثير من التركيزات لكل مضاد حيوي، ما عدا ciprofloxacine
لم يتم اكتشافه في السلالات تم تصنيف جميع السلالات البكتيرية blaCTX-M ل 21 سلالة من 58 سلالة أن الجين PCR المضاد الأخير. كشف التنميط الجيني ل
التي تم اختبارها على أنها مقاومة للعديد من الأدوية مقاومة لمضادات حيوية أو أكثر ومعظمها لها معدل مقاومة عالي جدًا. تنقسم أنماط المقاومة المتعددة
إلى مجموعات وفقا لعدد مقاومة المضادات الحيوية مع الحد الأقصى 26 والحد الأدنى 17 من أصل 32 مضاد حيوية الذي تم اختباره .وقد وجد أن هناك
51 نمط موزع في 10 مجموعات.
فضلات الدجاج، تلمسان. ،E. coli ، الكلمات المفتاحية : المقاومة البكتيرية للمضادات الحيوية
Résumé
Ce travail porte d’abord sur une étude préliminaire de la surveillance de la résistance aux antibiotiques et la contamination par E.
coli commensal isolé à partir des fientes de poulets de chair sains ou après un traitement dans des fermes d’élevages intensifs dans
la région de Tlemcen. La période d’étude est divisée en deux, entre janvier et mars 2014 et entre avril et juin 2014. Un total de 834
souches de morphologie typique d’E. coli résistants à la céfotaxime ont été isolés. Cependant, le nombre de souches identifiées
n’était que 102. La sensibilité aux antibiotiques de 98 souches sélectionnées à partir des souches identifiées a été déterminée par la
méthode de diffusion de disque vis-à-vis aux 32 antibiotiques appartenant aux différentes classes selon les recommandations du
Comité d’Antibiogramme Vétérinaire CA-SFM (2013) et du Comité d’Antibiogramme CA-SFM (2013). L’analyse des données a
signalé que la résistance aux β-lactamines était la plus fréquente et la plupart des molécules étaient inefficaces y compris les
céphalosporines de 1ère, de 2ème et de 3ème génération. Cependant, pour la ceftazidime qui est une céphalosporine de 3ème génération,
le taux de résistance des souches était de 59,18% et celui de l’association de ticarcilline/acide clavulanique était de 54,08%. De
plus, certains antibiotiques ont un bon effet contre les souches, comme par exemple la cefoxitine (20,40%), la moxalactam (18,36%),
l’azétronam (16,32%) et l’ertapenème (6,12%). La résistance aux quinolones et aux fluoroquinolones était aussi répandue, l’acide
nalidixique était totalement inefficace par rapport à la ciprofloxacine et à la norfloxacine. Encore, les souches ont montré des
fréquences variables de résistance aux autres antibiotique tels que la rifamycine (58,16%), la triméthoprim/sulfaméthoxazole
(76,53%), l’érythromycine (93,87%), et la clindamycine (100%). En revanche, tous les E. coli étaient entièrement sensibles à
certaines molécules d’aminosides telles que l’amikacine et la gentamicine et aux polypeptides dont la colistine et la fosfomycine.
Les concentrations minimales inhibitrices (CMI) de 58 souches sélectionnées parmi les 98 souches ont été déterminées par la
méthode de dilution sur gélose selon les recommandations du CA-SFM (2013) en utilisant 4 marqueurs la céfotaxime, la céftriaxone,
la ceftazidime et la ciprofloxacine. Toutes les valeurs des CMI étaient nettement supérieures aux concentrations critiques de la
céfotaxime, la céftriaxone et la ciprofloxacine et par conséquence tous les isolats étaient résistants. Cependant, 75,86% des souches
étaient résistantes à la ceftazidime. L’analyse génotypique par PCR de 21 souches sélectionnées à partir de 58 souches a révélé que
le gène blaCTX-M n’a pas été détecté chez les souches. Tous les isolats testés ont été catégorisés comme multirésistants (résistants à
deux antibiotiques ou plus) et la plupart ont un taux de résistance très élevé. Les profils de la multirésistance sont répartis en groupe
selon le nombre de la résistance aux antibiotiques avec un nombre maximum 26 et minimum 17 sur 32 antibiotiques testés. On a
constaté qu’il y a 51 profils différents réunis en 10 groupes.
Mots clés : Résistance aux antibiotiques, E. coli, fientes, volaille, Tlemcen.
Summary
This work first concerns a preliminary study of surveillance of antibiotic resistance and contamination with commensal E. coli
isolated from broiler droppings on intensive livestock farms in the Tlemcen area. The study period is divided in two, between January
and March 2014 and between April and June 2014. A total of 834 of E. coli resistant to cefotaxime were isolated. However, the
number of strains identified was only 102. Antibiotic sensitivity was determined by the disk diffusion method using 32 antibiotics
belong to the different classes, and the minimal inhibitory concentrations (MICs) were determined by the agar dilution method using
the recommendations of the CA-SFM Veterinary Antibiogram Committee (2013) and Antibiogram Committee (2013). 98 strains
compared to 102 identified were the object of study of the sensitivity. Data analysis indicated that β-lactam resistance was the most
common, and most of the molecules were ineffective including 1st, 2nd and 3rd generation cephalosporins. However, ceftazidime
and ticarcillin/clavulanic acid demonstrated an average efficacy. In addition, some antibiotics such as cefoxitin, moxalactam,
azetronam and ertapenem have a good effect against strains. Resistance to quinolones and fluoroquinolones was also widespread,
nalidixic acid was totally ineffective compared with ciprofloxacin and norfloxacin. Again, the strains expressed varying frequencies
of resistance to other antibiotics such as rifamycin (58.16%), trimethoprim / sulfamethoxazole (76.53%), erythromycin (93.87%),
and clindamycin (100%). In contrast, all E. coli were sensitive to certain aminoglycoside molecules such as amikacin and gentamicin
and to polypeptides including colistin and fosfomycin. The MICs of 58 strains were studied using the recommendations of
Antibiogram Committee (2013). All values of cefotaxime, ceftriaxone and ciprofloxacin. were significantly higher than the critical
concentrations and therefore all isolates were resistant. In contrast, ceftazidime has shown efficacy. PCR genotyping of 21 strains
revealed that the blaCTX gene was not detected in the strains. All isolates tested were categorized as multidrug-resistant (resistant to
two or more antibiotics) and most have a very high resistance rate. The patterns are divided into groups according to the number of
antibiotic resistance with a maximum number of 26 and minimum 17 out of 32 antibiotics tested.
Key words: Antibiotic resistance, E. coli, feces, chickens, Tlemcen.Réservation
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